馬來西亞半島東海岸和沙巴及砂勞越，提供了令人激賞的美麗潛水景點。尤其是沙巴和砂勞越，因靠近南中國海和西里伯海，吸引了各種各樣的海洋生物及遠洋品種來到這裡的暗礁。這裡的海水清澈，所以能見度非常高。

芭雅島位於馬來半島西海岸浮羅交怡群島的其中一個小島，在這裡的海洋公園保護區內，有許多頻臨絕種的海洋生物。浮羅交怡當地的潛水中心，提供短程旅遊到芭雅島以及浮羅交怡與檳城島兩者間的島嶼，在這裡可以觀賞到許多印度洋獨有的海洋生物。

丁加奴的樂浪島是樂浪海洋公園內最大的島嶼，這裡擁有世界上生長最好的珊瑚園。

沙巴的首府哥打京那峇魯，是前往拉央拉央、朗卡央、施巴丹及馬寶島的轉駁中心。其岸外不遠處是東姑阿都拉曼公園的所在地，這個海洋保護區由加雅、沙比、馬奴干、蘇祿及馬慕廸五個小島所組成。淺水、絢爛的珊瑚園和各類型的住宿設施，使這裡成為最熱門的潛水地點。

最佳的潛水季節視乎不同地區而定，潛水人士最好向當地的旅遊辦事處查詢有關資料。